PELATIHAN BIOINFORMATIKA DALAM BIDANG PROTEKSI TANAMAN

9-12 JUNI 2014

LATAR BELAKANG

Bioinformatika merupakan cabang ilmu yang memanfaatkan teknologi informasi dan menggabungkan ilmu matematika, statistika dan komputer untuk menyelesaikan berbagai permasalahan dalam bidang biologi. Bioinformatika mulai banyak dipelajari pada awal 1980 tetapi sangat cepat berkembang dan banyak digunakan terutama dalam pengembangan bidang biologi molekuler dan bioteknologi. Dewasa ini aplikasi bioinformatika sudah banyak dimanfaatkan di berbagai bidang ilmu. Salah satu contohnya, informasi mengenai genom tanaman, hewan dan mikroorganisme yang diperoleh melalui bioinformatika memberikan peranan penting dalam pengembangan ilmu pertanian. Informasi tentang urutan nukleotida pada genom suatu organisme dapat membantu taksonomi, identifikasi, analisis keragaman, filogenetika dan lain lain yang sangat erat kaitannya dengan bidang pertanian.

Pelatihan yang diselenggarakan oleh PKPHT – IPB secara khusus akan membahas aplikasi bioinformatika dalam bidang proteksi tanaman (entomologi dan fitopatologi). Pelatihan ini ditujukan bagi para pemula dengan pengalaman terbatas dalam menggunakan program-program pengolahan data bioinformatika. Materi pelatihan akan diberikan dalam bentuk pembahasan prinsip dan teori yang mendasari aplikasi bioinformatika, dilanjutkan dengan praktik pengolahan data menggunakan berbagai program analisis genetika suatu organisme.


TUJUAN

Pelatihan singkat bioinformatika diharapkan dapat memberikan dasar pemahaman analisis genetika dan memperkenalkan berbagai “alat analisis genetika” termasuk analisis data sikuen (perunutan DNA) dan analisis filogenetika (penyuntingan dan penyejajaran data, rekonstruksi pohon filogenetika dan interpretasinya).

TIM PENGAJAR
Instruktur dalam pelatihan ini adalah
Dr. Purnama Hidayat (Departemen Proteksi Tanaman)
Dr. Yayi Munara (Departemen Proteksi Tanaman)
Dr. Sri Hendrastuti Hidayat (Departemen Proteksi Tanaman)
Dr. Rika Rafiudin (Departemen Biologi) – dalam proses konfirmasi
Dr. Farid (Departemen Ilmu Komputer) – dalam proses konfirmasi


PESERTA

Sasaran pelatihan ini adalah para peneliti, dan petugas laboratorium diagnosis hama dan penyakit tumbuhan dari lembaga penelitian, perguruan tinggi, instansi pemerintah dan swasta.

Jumlah peserta dibatasi maksimal 30 orang/periode.


MATERI PELATIHAN

1. Pengenalan GenBank dan pencarian database
2. Penyuntingan dan analisis data sekuen DNA
3. Prinsip dan aplikasi filogenetika
4. Metode konstruksi pohon filogenetika (Parsimony, Neighbour joining, Bayesian).

*Masing-masing peserta wajib membawa laptop / notebook

WAKTU DAN PELAKSANAAN

Pelatihan akan dilaksanakan tanggal 9-12 JUNI 2014 di Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor, Darmaga, Bogor .

Biaya Pelatihan : Rp. 3.000.000/orang

Peserta akan mendapatkan modul pelatihan, alat dan bahan praktek, makan siang selama pelatihan dan sertifikat

PENDAFTARAN

1. Pendaftaran dilakukan dengan mengisi formulir yang telah disediakan kemudian mengirimkan kepada sekretariat melalui email atau faximili.
2. Peserta mentransfer biaya pelatihan ke Rekening Panitia
   Nama Bank : BNI Cabang Dramaga Bogor
   Nomor rekening : 0140774031
   Atas Nama : Dept Proteksi Tanaman
3. Peserta mengirimkan foto / scan bukti transfer melalui email pkpht.ipb@gmail.com
4. Formulir dan biaya pendaftaran harus sudah diterima panitia paling lambat tanggal 1 Juni 2014 
5. Panitia akan segera mengirimkan undangan untuk mengikuti pelatihan.
6. Contact Person : Arin 08128996863

PenyelenggaraPusat Kajian Pengendalian Hama Terpadu
Departemen Proteksi Tanaman
Fakultas Pertanian - Institut Pertanian Bogor
Jl. Kamper Kampus IPB Darmaga, Bogor 16680
Telp: 0251-8629364, Fax: 0251-8629362
Email : pkpht.ipb@gmail.com


FORMULIR PENDAFTARAN

(Bisa dicopy dan dikirim via email)


Nama lengkap   : _____________________________

Jenis Kelamin    : ▢ Laki-laki ▢ Perempuan

Tempat/tgl lahir : _____________________________

Pendidikan         : _____________________________

Pekerjaan          : _____________________________

Instansi            : _____________________________

Alamat             : ______________________________

Tel./Fax            : _____________________________

HP.                  : _____________________________

E-mail              : _____________________________



Telah/akan mentransfer biaya pelatihan

Pada tanggal _____________________________

Atau dibawa langsung saat pelatihan.




……………………… 2014




(………………………………..)

Nama

PELATIHAN DIAGNOSIS PATOGEN TUMBUHAN MENGGUNAKAN TEKNIK POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

LATAR BELAKANG

Dalam era globalisasi, lalu lintas perdagangan produk pertanian menjadi sangat meluas. Bersama dengan produk pertanian tersebut, patogen tumbuhan dapat terbawa sehingga menyebar ke berbagai negara, termasuk Indonesia, yang dapat menjadi ancaman bagi ketahanan pangan. Untuk itu pencegahan dan pengendalian yang tepat terhadap keberadaan patogen tersebut perlu dilakukan. Hal tersebut membutuhkan pengetahuan yang akurat tentang patogen tumbuhan dan teknik diagnosis yang handal.
Berbagai teknik diagnosis patogen tumbuhan yang mudah dan akurat telah banyak dilaporkan, salah satunya adalah teknik polymerase chain reaction (PCR). PCR merupakan teknik in vitro yang bersifat enzimatik untuk menggandakan DNA. Dari sejak ditemukan, teknik PCR telah digunakan secara luas dan telah dimodifikasi untuk memenuhi kebutuhan berbagai keperluan seperti biologi molekular secara umum serta diagnosis patogen tumbuhan secara khusus. Modifikasi teknik PCR diantaranya adalah Reverse Transcription-PCR (RT-PCR), Restriction Fragment Length Polymorphism -PCR (PCR-RFLP), Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD), multiplex PCR, dan PCR untuk perunutan DNA. Tingkat sensitifitas teknik ini sangat tinggi yaitu dapat menggandakan hanya 1 molekul DNA. PCR juga telah dikembangkan untuk diagnosis patogen tumbuhan dengan tingkat keakuratan tinggi misalnya untuk patogen dengan konsentrasi yang sangat rendah, atau patogen yang menyebabkan gejala laten.


TUJUAN

1. Meningkatkan pemahaman tentang prinsip dan aplikasi teknik PCR dalam diagnosis penyakit tumbuhan.
2. Mempelajari tahapan-tahapan yang digunakan dalam teknik PCR.
3. Meningkatkan ketrampilan dalam aplikasi teknik PCR


PESERTA PELATIHAN

Sasaran pelatihan ini adalah peneliti di perguruan tinggi, lembaga penelitian, perusahaan agribisnis, petugas pengamat dan pemeriksa kesehatan tanaman di karantina tumbuhan, lembaga sertifikasi benih, laboratorium lapangan.
Jumlah peserta dibatasi 15 orang.


KEGIATAN PELATIHAN

Pelatihan mencakup teori di kelas dan praktik di laboratorium. Materi kegiatan mencakup beberapa metode yang didasarkan pada prinsip kerja teknik PCR yang umum digunakan untuk melakukan diagnosis dan identifikasi penyebab penyakit tumbuhan dari kelompok bakteri, cendawan, nematoda, dan virus. Beberapa metode yang akan dicakup adalah Reverse Transcription (RT)- PCR, Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)-PCR, Random Amplified Polymorphism DNA (RAPD)-PCR


INSTRUKTOR

Staf pengajar di Departemen Proteksi Tanaman – IPB akan bertindak sebagai pembimbing dalam pelatihan ini:
1. Dr. Ir. Sri Hendratuti Hidayat
2. Dr. Ir. Endang Nurhayati
3. Dr. Ir. Gede Suastika
4. Dr. Supramana
5. Dr. Ir. Giyanto
6. Dr. Ir. Tri Asmira Damayanti
7. Ir. Efi Toding Tondok, MS

TEMPAT DAN WAKTU PELATIHAN

Pelatihan akan dilaksanakan pada tanggal 4-8 April 2011 di Departemen Proteksi Tanaman, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor, Darmaga, Bogor.


BIAYA PELATIHAN & FASILITAS PESERTA

Biaya pelatihan Rp.3.500.000,-/ peserta. Peserta akan mendapatkan (1) Modul, (2) Alat dan bahan praktik, (3) Sertifikat dan (4) Makan siang dan snack


PENDAFTARAN

Peserta mengirimkan formulir pendaftaran (asli/fotokopi) kepada panitia penyelenggara.
Peserta mentransfer biaya pelatihan ke : Bank BNI’46 Cabang Bogor
No. Rekening : 39901603
Atas nama : Abjad Asih Nawangsih
dan mengirimkan bukti transfer melalui faksimili atau email. Peserta akan menerima email konfirmasi.

Formulir dan biaya pendaftaran harus sudah diterima panitia paling lambat tanggal 21 Maret 2011.

Formulir bisa diunduh di sini :

http://pusatkajianpht.blogspot.com/2011/02/formulir-pendaftaran.html

Untuk informasi sponsorship bisa dilihat di sini

http://pusatkajianpht.blogspot.com/2011/02/sponsorship.html

Seminar Nasional Perlindungan Tanaman 2009

Seminar Nasional Perlindungan Tanaman 2009 dalam rencananya akan dilaksanakan pada tanggal 5 – 6 Agustus 2009. Penyelenggara dan tempat Seminar ini adalah Pusat kajian Pengendalian Hama Terpadu (PKPHT) di Departemen Proteksi Tanaman Fakultas Pertanian – Institut Pertanian Bogor Kampus Darmaga Bogor.

Topik yang akan dicakup dalam seminar nasional ini meliputi:
1. Kebijakan dan Sistem Perlindungan Tanaman
2. Pengembangan dan inovasi teknik pengendalian Organisme Pengganggu Tanaman (OPT)
3. Sistem dan Teknik surveillance Organisme Pengganggu Tanaman (OPT)
4. Kajian sosial ekonomi perlindungan tanaman
5. Biodiversitas, keamanan dan ketahanan pangan

Pemakalah dan peserta
Dalam seminar ini akan dihadirkan beberapa Keynote speakers dan invited speakers dari berbagai kalangan atau lembaga (pengabil kebijakan, peneliti, akademisi dan praktisi). Di samping itu, seminar ini terbuka bagi kalangan akademisi, peneliti, praktisi dalam bidang perlindungan tanaman untuk menyampaikan hasil pemikiran atau penelitian dalam presentasi oral maupun poster. Seminar ini juga terbuka untuk dihadiri oleh kalangan umum yang berminat maupun berkepentingan dengan perlindungan tanaman.

Panitia Seminar Nasional Perlindungan Tanaman 2009
Pendaftaran sebagai pemakalah atau peserta dapat dilakukan melalui pengisian formulir yang dikirimkan ke sekretariat Panitia Seminar di bawah ini:

Pusat Kajian Pengendalian Hama Terpadu (PKPHT)
Departemen Proteksi Tanaman – Fakultas Pertanian – Institut Pertanian Bogor
Jl. Kamper Kampus IPB Darmaga Bogor 16680
Telpon: 0251-420978 Faksimili: 0251 – 423048/420977
http://seminarperlintan.wordpress.com
e-mail: pkpht@indo.net.id atau snpt09@yahoo.com

Pembaruan dan informasi lebih lanjut akan disampaikan melalui website ini

Holistic Foundations for Assessment and Regulation of Genetic Engineering and Genetically Modified Organisms

ANNOUNCEMENT

Holistic Foundations for Assessment and Regulation of Genetic Engineering and Genetically Modified Organisms
- Sub-regional course for South East Asia

Date: 24 January – 29 January 2006

Venue: Bogor Agricultural University, Bogor, Indonesia

Topics include: * Overview of genomes, genes and gene expression * Genome sequencing, bioinformatics and functional genomics * Horizontal gene transfer (HGT) from GMOs * Various application areas of genetic engineering * Various risk areas connected to GE applications/GMOs
* Economic, legal, ethical aspects of GE applications/GMOs
* Cultural, social, political issues in GE applications/GMOs * Policy and regulatory issues, including capacity building and biosafety implementation
* Future and emerging GE applications * Alternatives to GE applications and gene ecology
* Laboratory practicals on DNA isolation and PCR

BackgroundThe Cartagena Protocol on Biosafety seeks to protect biological diversity from the potential risks posed by genetically modified organisms (GMOs) resulting from modern biotechnology/genetic engineering. Implementation of biosafety regulation is therefore the focus of many countries. The process of implementing the Protocol has unveiled the lack of basic scientific knowledge necessary to perform risk assessments and a holistic understanding of the policy, legal, regulatory, ethical, economic and social dimensions is also lacking in many cases.

In order for countries to perform credible biological risk assessments, multi-disciplinary scientific competence is of critical importance. Each country needs to be able to conduct general scientific risk assessment and management, and also specifically tailor it to their particular environmental, health and safety conditions and needs. Moreover, there is a need to assess GMOs developed domestically, or imported purposely or accidentally from others, into the context of their special cultural, ethical, socio economic and policy frameworks.

About the courseThe course is designed to provide policy makers, regulators, scientists and NGOs/civil society representatives, specifically from developing countries in South East Asia, with knowledge and training in crucial GE/GMO issues. Through lectures, laboratory demonstrations, group work and discussions, we offer biosafety capacity building within a holistic framework.

Participants will also be required to submit a GE/GMO/biosafety country report.

A 2-week international course has been conducted every year since 2003, in Tromso, Norway. This is the first such regional/sub-regional course. For information: http://www.genok.org/english/view_kurs.asp

Eligibility and selection processApplicants must be from South East Asian countries.

The application form must be filled in. The applicant must provide information about the type/level of position they are holding, and state the basis for their interest in the course. In addition, a brief CV needs to be included.

The working language of the course will be English only, and as such, applicants should be able to work sufficiently well in English.

Preference will be given to applicants from developing countries (Official Development Assistance-countries). For further information about ODA-countries: http://www.oecd.org/dataoecd/35/9/2488552.pdf

Gender and distribution among the different countries will be used as criteria in the selection of participants.

Applications are due by 12 December 2005.

Costs and expensesFull sponsorship will be given to 40 successful applicants. Priority will be given to applicants from developing countries (ODA-countries). The sponsorship will cover curricular materials, travel, visa fees, accommodation and meals.

Online application form: http://www.genok.org/english/application2.html

Download application form (word format):
www.dpt.faperta.ipb.ac.id
www.biosafety-info.net
http://www.e-newsmailer.com/uploads/76.w3X4wDdfl9sIBzsAZqC938oLP/Biosafety%20course/applicationform-SEA1.doc

Contact detailsCenter for Integrated Pest Management (contact person: Ms. Abjad Asih)Department of Plant ProtectionFaculty of AgricultureBogor Agricultural UniversityJl. Raya KamperDarmaga - BOGOR 16680West Java, INDONESIAPhone: +62 (0)251 420978Fax: +62 (0) 251 420977Email: hpt-ipb@indo.net.id
Website: www.dpt.faperta.ipb.ac.id

Additional contact persons:
Shinta Puspitasari
+62 8129447306 (mobile)
Damayanti Buchori
+62 (0) 251 652627
+62 (0) 251 318225